如果她的旗帜被折断了漫画，立在人生的歧路上、最重要的选择项【FLAG】——。能看到立在他人头顶上的FLAG的少年·旗立飒太转入了都内屈指的名门学校【旗之谷学园】。在这里他遇见了形形色色的美少女们，并共同生活在一个屋檐下，围绕着这些FLAG，令人羡慕的恋爱喜剧生活开始了。